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所在平台: Udemy |
课程主页: https://www.udemy.com/course/pathway-enrichment-analysis-dama/
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课程名称：使用gProfiler、clusterProfiler和fgsea进行通路富集分析 **课程概述：** 本课程旨在教授如何分析基因列表的生物学通路。具体而言，课程将重点介绍基于知识的通路富集分析方法，包括过表达分析（ORA）和功能类别评分（FCS）。完成课程后，您将能够熟练使用gProfiler和clusterProfiler这两种常用的工具执行ORA分析。此外，您还将学会如何使用clusterProfiler和fgsea包进行FCS分析。课程还将指导您如何选择最佳结果、如何使用两种不同的图表类型可视化结果，以及如何绘制与特定生物学通路相关的核心基因的表达图。 如果您渴望从您手中的基因列表中提取生物学洞见，或者您计划深入了解转录组数据分析的世界，那么本课程提及的分析方法将是您必不可少的技能。 **课程亮点：** * 学习使用gProfiler和clusterProfiler进行过表达分析（ORA）。 * 掌握使用clusterProfiler和fgsea进行功能类别评分（FCS）分析。 * 学习如何筛选和可视化通路富集分析的结果。 * 能够绘制关键基因的表达图以深入理解生物学意义。 * 课程结束后，您将获得可用于自身项目的数据分析脚本。 **适合人群：** * 希望从基因列表中提取生物学洞见的学习者。 * 计划进行转录组数据分析的研究人员和学生。 * 对计算生物学和生物信息学分析感兴趣的个人。
Hello everyone!This course focuses on exploring the biological pathways associated with a list of genes. More specifically, it focuses on knowledge-based pathway enrichment analysis through methods such as OverRepresentation Analysis (ORA) and Functional Class Scoring (FCS). At the end of this course you should be able to perform ORA using two of the most commonly used tools, gProfiler and clusterProfiler. You should also be able to perform FCS analysis by using clusterProfiler and fgsea packages. You will also learn how to choose the top results, how to visualize these results using two different kinds of plots and also how to plot the expression of the core genes associated with a specific pathway that might hold biological significance in your data.If you are eager to extract biological insight from a list of genes of interest you have on your hands, or if you plan on diving in the world of transcriptomics data analysis, the analyses mentioned in this course are a must.So, get in your learning mood and start the course to learn one of the most commonly used bioinformatics analyses!P.S. You also get to keep the script for use with your own gene lists and datasets! Neat!
