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所在平台: Udemy |
课程主页: https://www.udemy.com/course/command-line-ngs/
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Coursera 课程总结：掌握命令行：从 FASTQ 到 VCF 的 NGS 分析 本课程是关于使用 Linux 命令行处理真实下一代测序 (NGS) 数据的完整实操指南，涵盖从原始 FASTQ 文件到最终 VCF 变异调用的整个流程。 **课程内容概览:** * **核心工具学习:** 学习安装和使用 essential 的生物信息学工具，包括 fastqc、fastp、bwa、samtools 和 bcftools，这些工具是现代基因组学研究中大多数 NGS 管道的基础。 * **Windows 用户友好:** 即使是 Windows 用户，课程也将指导如何设置 Windows Subsystem for Linux (WSL)，以便在本地计算机上直接进行所有操作。 * **循序渐进的管道构建:** 课程结构清晰，分为简短集中的课程单元，每个单元专注于完成测序数据管道中的一项特定任务： * 从 NCBI SRA 下载数据。 * 执行质量控制检查 (fastqc)。 * 修剪低质量读段和接头序列 (fastp)。 * 将读段比对到参考基因组 (bwa)。 * 处理比对文件 (samtools)。 * 调用 SNPs 和 indels，生成干净、过滤后的 VCF 文件 (bcftools)。 * **面向人群:** 适合初学者到中级学习者，包括学生、研究人员或生物信息学爱好者。无需任何 Linux 或命令行先验知识。 * **学习成果:** 学习结束后，您将能够构建一个完整的 NGS 数据分析管道，并有信心独立分析真实的 NGS 数据集。
This course is a complete hands-on guide to processing real next-generation sequencing (NGS) data from raw FASTQ files to final VCF variant calls - all using command-line tools in a Linux environment.You will learn to install and use essential bioinformatics tools such as fastqc, fastp, bwa, samtools, and bcftools. These tools are the foundation of most modern NGS pipelines used in genomics research. If you're a Windows user, no problem - we'll show you how to set up WSL (Windows Subsystem for Linux), so you can follow every step directly from your own machine.The course is structured around short, focused lessons. Each one walks you through a specific task in the sequencing data pipeline: downloading data from NCBI's SRA, performing quality control checks, trimming low-quality reads and adapters, aligning reads to a reference genome, processing alignment files, and calling SNPs and indels to generate clean, filtered VCF files.This course is ideal for beginners and intermediate users alike - whether you're a student, researcher, or bioinformatics enthusiast. You don't need any prior experience with Linux or the command line. By the end of the course, you'll have a complete working pipeline and the confidence to analyze real NGS datasets on your own.
