Bioconductor for Genomic Data Science

所在平台: Coursera

课程主页: https://www.coursera.org/learn/bioconductor

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课程简介

课程名称：生物信息学工具在基因组数据科学中的应用（Bioconductor for Genomic Data Science） 概述：本课程将教授如何利用Bioconductor项目中的工具来分析基因组数据。这是约翰霍普金斯大学基因组大数据专业化的第五门课程。 课程大纲： 第一周：本周课程将介绍如何安装和使用Bioconductor软件，并讨论常用的数据结构，包括ExpressionSets、SummarizedExperiment和GRanges，这些数据结构广泛应用于多种分析中。 第二周：本周，我们将学习如何表示和计算生物序列，包括整个基因组水平以及数百万小短读的水平。 第三周：本周将涵盖基本数据类型、ExpressionSet、biomaRt和R S4的相关内容。 第四周：本周将讨论如何在Bioconductor中获取数据，涵盖Rsamtools、oligo、limma和minfi等工具。 通过本课程，学员将掌握基于Bioconductor的基因组数据分析技能，为从事相关领域的研究和应用打下基础。

课程大纲

Part: 1

Title:Week One

Description:The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.

Part: 2

Title:Week Two

Description:In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.

Part: 3

Title:Week Three

Description: In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.

Part: 4

Title:Week Four

Description:In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi

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